In 1412 komt de naam voor als Backhysen. Het zal zijn naam te danken hebben aan de Friese mansnaam Bakke, ook wordt de naam vermeld als Baccahuzen. Als streek naam kan de naam mogelijk veel ouder zijn, het “Bakhusterheech”, een 7 meter hoge keileem heuvel deel uitmakend van het Mirnser klif en “Bakhusterwad”, een wadden gebied globaal gelegen tussen Bakhuizen en Warns dat met de aanleg van de eerste bekende zeedijk tussen Mirns en Laaksum is ingepolderd. Wanneer dit is geweest is niet bekend, het aanleggen van zeedijken in Friesland is bekend vanaf het jaar 800. De laatste sporen van deze âld dyk zijn in de jaren 70 van de vorige eeuw door ruilverkaveling helemaal verdwenen De eerste bewoning was mogelijk op “de Burde”, wat buurt en of water kant kan betekenen, waterkant dus het einde van het klif. Men woonde op de hoger gelegen stukken land wat gebruikt werd voor de landbouw en het lage land “zomerland”, meer voor het houden van vee en als hooi land in gebruik was. En op de grens bij het water ontstond een buurt. Tegenwoordig is “de Burde” het bedrijventerrein. Na de aanleg van de zeedijk was de weg naar zee afgesloten en ontstond er een Bakhuizen meer op de tegenwoordige plaats met de “Bakhusterfeart” als waterweg. Het was mogelijk een zijl die in de loop der jaren geschikt gemaakt is voor het gebruik van schepen. Bakhuizen had tot in het begin van de vorige eeuw veel Skutsje schippers. Vanaf 1412 is er een Rooms katholieke kerk in Bakhuizen, behorend bij het Benedictijner (Odulphus) klooster in Stavoren. Na de Reformatie was het Rooms katholieke geloof verboden en was er geen kerk meer in Bakhuizen. In de jaren 1630 en 1657 was op Elfbergen bij Oudemirdum een schuilkerk. Ook in een korenmolen tussen Bakhuizen en Hemelum werd er kerk gehouden, nu nog bekend als de “Mole Polle”. Na 1663 is er weer een R.K. kerk en werd Bakhuizen een vrijwel Rooms Katholieke gemeenschap. De bewoners leefden van de landbouw en de visserij die na aanleg van de dijken zich verplaatste naar Mirns. In het jaar 1744 hadden Mirns en Bakhuizen samen 286 inwoners en in 1749, 254, dat waren 67 gezinnen, 167 personen van 12 jaar en ouder en 87 kinderen tot 12 jaar. Tot 1955 was Bakhuizen samen met Mirns 1 dorp. Wanneer en waarom dit is ontstaan is niet bekend.
Foto van het dorp Bakhuizen.